益生菌和益生元都有助于改善消化和整体健康。国家补充和替代医学中心(NCCAM)解释说，益生菌是不能被消化的食物成分，相反，会刺激益生菌的生长。益生菌是一种微生物，像细菌一样生活在肠道中，帮助消化和免疫。NCCAM说益生菌可以促进身体平衡，减少腹泻等胃肠道问题，甚至减少酵母菌感染。
酸奶
NCCAM说酸奶是一种天然含有益生菌的食物。有些酸奶添加了更多的益生菌。根据NCCAM的研究，酸奶中最常见的益生菌是嗜酸乳杆菌和两歧双歧杆菌。有些酸奶甚至贴上了含有活性益生菌的标签。对于消化系统的好处，一个产品含有的益生菌越多，使用该产品的好处就越大。
豆奶
NCCAM说像豆浆这样的大豆饮料含有加工过程中添加的益生菌。专门研究癌症和免疫系统的注册营养师朱莉·兰福德(Julie Lanford)解释说，如果一种产品声称含有“活性益生菌”，那么它就含有益生菌。喝豆奶的人经常喝豆奶而不喝牛奶，因为他们有乳糖不耐症。《美国临床营养学杂志》指出，食用益生菌可以改善乳糖不耐症患者对乳糖的消化。
豆类
据被称为“癌症营养师”的兰福德说，虽然小扁豆、黑豆、芸豆和鹰嘴豆等豆类不含益生菌，但它们确实含有益生元。These prebiotics promote the growth of the natural bacteria in your gut. Some prebiotic ingredients found in legumes include fructo-oligosaccharides and arabinogalactan, which are both rich in dietary fiber. People with digestive problems may benefit from getting more legumes in their diet.
燕麦
兰福德说，像燕麦和燕麦片这样的全谷物也含有益生元。她还说，当含有益生菌的食物，如燕麦片，与含有益生菌的食物(如豆奶)或益生菌补充剂同时食用时，两者会共同增强肠道内健康细菌的益处。