在发现真菌是一种截然不同的生物体之前，科学家们曾经认为真菌是一种植物。真菌以腐烂的物质、食物和包括人类在内的生物为食。真菌在环境中大量存在，有些会感染人类，引起疾病。表面感染，如脚癣和真菌感染是常见的。真菌也能引起内部疾病，称为侵入性真菌感染。免疫系统较弱的人特别容易患上侵袭性真菌疾病。
癣感染
皮肤、头发和/或指甲的表面真菌感染极为常见。这些感染——医学术语称为癣——可以发生在身体的任何地方。例如癣、股癣和脚气。非处方抗真菌药膏或喷雾剂通常对有限的感染有效。但其中一些感染，如头皮癣，通常需要使用处方药来杀死真菌。
念珠菌病
念珠菌病是念珠菌科中由不同种类的酵母引起的一种常见真菌感染。念珠菌在潮湿的身体表面繁殖，是阴道感染的常见原因。它还会导致口腔或咽喉感染，被称为鹅口疮。念珠菌通常会侵入血液并扩散到身体的其他部位。免疫系统较弱的人最容易感染这种侵袭性念珠菌病，它可能危及生命。
曲霉病
曲霉菌是一种常见的真菌，存在于土壤、腐烂的植被、绝缘材料、空调通风口和灰尘中。曲霉孢子漂浮在空气中，可以被吸入鼻子和肺部。在大多数情况下，曲霉孢子不会造成伤害。然而，有些人会发展成侵入性感染。服用抑制免疫系统药物的人特别容易感染这种真菌疾病。曲霉菌能感染肺部，并形成称为曲霉菌瘤的真菌团块。在某些情况下，曲霉菌会从肺部进入血液，引起广泛的、危及生命的感染。曲霉菌也可能侵入鼻窦，尽管这在免疫系统健康的人身上很少见。
球孢子菌病
球孢子菌病又称圣华金热或谷热，是一种由球孢子菌引起的真菌疾病。这种真菌栖息在干旱地区，如亚利桑那州、内华达州、得克萨斯州西部、加利福尼亚州中部和新墨西哥州的一些地区。吸入被球虫孢子污染的灰尘会将真菌带入肺部。美国疾病控制和预防中心报告说，60%感染了球虫类药物的人没有症状。在出现症状性疾病的患者中，头痛、发烧、肌肉疼痛、咳嗽和皮疹是常见的。虽然大多数人会在几周内从球孢子菌病中恢复，但有些人会出现持续性肺部感染或全身入侵，真菌会进入并感染身体的其他部位。
组织胞浆菌病
荚膜组织胞浆菌引起真菌感染，称为组织胞浆菌病。美国大多数组织胞浆菌病发生在密西西比和俄亥俄河谷地区。蝙蝠和鸟类粪便刺激了土壤中荚膜组织胞浆菌的生长。蝙蝠、鸟类栖息的洞穴和禽舍的粪便中常常含有组织浆菌。挖掘或移动污染土壤时吸入组织浆孢子。大多数感染荚膜组织胞浆菌的人不会生病。然而，有些人会经历呼吸系统疾病，其特征是干咳、发烧、食欲不振、肌肉疼痛和胸痛。罕见的是，这种呼吸系统疾病会变成慢性疾病，在数月到数年内造成进行性肺损伤。在罕见的情况下，组织浆菌进入血液并感染其他器官。