牛奶是许多人的主食，提供碳水化合物、完全蛋白质和其他食物通常缺乏的大量营养，如维生素B和钙。巴氏灭菌法是将鲜奶加热到一定温度，以杀死导致腐败的微生物、真菌和其他因素的过程。暴露在高温下可能会略微降低牛奶的营养质量。
处理差异
超巴氏杀菌奶和巴氏杀菌奶都是通过加热牛奶来杀死牛奶中可能存在的细菌，但是它们加热牛奶的温度和时间是不同的。在标准的巴氏杀菌过程中，制造商将牛奶加热到最低161华氏度，至少加热15秒。超高温杀菌法将牛奶加热到至少280华氏度，持续至少两秒钟。在超巴氏杀菌中使用的极端高温使牛奶在未开封和正确储存的情况下可以安全食用长达六个月。
蛋白质变性
超巴氏杀菌牛奶的一个问题是牛奶中乳清蛋白的变性。注册营养师玛格丽特·麦克威廉姆斯解释说，在超高温杀菌中使用的额外热量破坏了蛋白质中的一些结构键，从而导致蛋白质拉长。这会影响蛋白质的溶解度和它在你体内的行为。2008年发表在《营养学杂志》上的一项研究表明，人类从餐后巴氏杀菌或微滤牛奶中吸收的蛋白质比从超巴氏杀菌牛奶中吸收的要多。然而，食用超巴氏杀菌牛奶后，血清氮水平更高，研究人员认为这可能是蛋白质变性的结果。
营养损失
增加热，原奶导致巴氏杀菌乳温和营养损失。明尼苏达大学报道，巴氏杀菌奶失去3％到4％硫胺素，少于5％维生素E和在加热过程中的生物素的小于10％。杰西·格雷戈里三世在1982年证明了的牛奶变性的乳清经过巴氏杀菌的蛋白质可以降低你的身体如何良好地吸收牛奶的维生素B12。超巴氏杀菌可以进一步降低这些营养成分，虽然牛奶的增加保质期往往抵消了额外的营养费用。
灭菌
美国食品和药物管理局报告说，生牛奶可能携带危险的细菌，如沙门氏菌、大肠杆菌和李斯特菌，所有这些都可能对你的健康造成重大风险。巴氏杀菌法杀死了这些有害的细菌，尽管它可能会留下其他非致病菌，仍然可以导致牛奶变质。超巴氏杀菌能有效杀死牛奶中的所有细菌。去除这些细菌可能会改变牛奶的味道。