益生菌是生活在肠道内有益菌。促进健康的消化和某些营养素的吸收，他们的行为排挤病原体，如酵母，其它细菌和病毒可能另有原因的疾病。益生菌发展与人类的胃肠道互利共生。他们从我们摄取食物中受益，我们的身体利用他们的生命过程中的副产品。乳酸菌是最知名的益生菌，但也有成千上万的其他菌株提供健康有益的。
乳酸杆菌
嗜酸乳杆菌是小肠的健康是最重要的最知名的益生菌和一个。除了肠道linging，乳酸菌还可以居住在阴道，子宫颈或尿道。嗜酸抑制病原体，并产生这样的天然抗生素作为lactocidin和acidophilin，这增强免疫力。嗜酸具有抗金黄色葡萄球菌，沙门氏菌，大肠杆菌和白色念珠菌的抗微生物作用。
短乳杆菌，简写短乳杆菌，是一种产生乳酸的益生菌是在合成维生素d和K有帮助
保加利亚乳杆菌，在酸奶发酵中使用播放由产生乳酸，这产生对其他物种的一个友好的环境中的保护作用。
植物乳杆菌，使lactolin，另一种天然抗生素。植物还可以合成L-赖氨酸，抗病毒的氨基酸。该生物体消除硝酸盐，促进一氧化氮水平和减少病原体。
鼠李糖乳杆菌有较强的耐胆汁盐，幸存的不到有利的环境。该物种已显示造福于老年人和婴幼儿的一致好评。鼠李糖帮助乳糖不耐症，保护小肠和大肠产生乳酸。乳杆菌的其它菌株包括发酵乳杆菌，L. caucasicus，L瑞士，乳酸乳球菌，罗伊氏乳杆菌和干酪乳杆菌。
双歧杆菌
双歧杆菌是最被认可这一类的。活大肠和/或阴道粘液衬里内，两歧双歧杆菌防止致病细菌和酵母的侵入。杆菌产生通过产生乳酸和乙酸在pH水平的有利变化。此外，该种增加的铁，钙，镁和锌的吸收。
婴儿双歧杆菌模拟生产影响免疫系统的细胞因子，并且能够杀死这些病原体如clostrida，沙门氏菌和志贺氏菌。长双歧杆菌的定植大肠。它可以防止有害细菌和酵母采取住处。这可使用抗生素期间减少的肠胃问题，如腹泻和恶心的频率。
其他菌株
嗜热链球菌是用于制作酸奶益生菌另一个。打破乳糖创建乳糖酶的酶消化牛奶糖，这个物种可以与乳糖不耐症有所帮助。其他链球菌菌株包括乳脂，屎肠球菌和婴儿。
屎肠球菌的研究已经证明是有用的腹泻，缩短症状持续时间。它杀死病原微生物，如轮状病毒。研究还表明，这种菌株降低LDL或坏胆固醇。这种微生物对抗生素非常耐。虽然过客，屎肠球菌是一个值得欢迎的自然居住在人体内。