接触污染水后，细菌、病毒、藻类和原生动物感染很常见。在靠近发达地区的池塘、湖泊和海洋游泳，如果这些地区的污水或废水处理设施不足或负荷过重，可能会增加你暴露于废水污染的风险。游泳后发烧要立即就医，特别是在美国以外的地方。
钩端螺旋体病
钩端螺旋体病是由钩端螺旋体属螺旋形细菌引起的一种感染，通过受感染哺乳动物的粪便和尿液传播，其特征是发热、发冷和剧烈头痛。来自柏林罗伯特·科赫研究所的研究人员在一名铁人三项运动员身上发现了钩端螺旋体病，他在海德堡外的内卡尔河完成了比赛的游泳部分。医疗队试图联系所有参与者，以确定可能爆发疫情的风险。在回应的142名参与者中，又有5人确诊。作者说，事件前的暴雨很可能导致了水的污染，开放性伤口可能是细菌的切入点。
脑膜炎
肠道病毒是一种肠道寄生虫，可以通过人类粪便污染水，并导致多种疾病，包括脑膜炎，一种大脑和脊髓的炎症状态，其特征是突然发热、瘫痪和精神状态改变。《临床传染病》2008年9月号上的一篇文章描述了一个从墨西哥旅行归来的学校团体爆发了病毒性脑膜炎。在29名游客中，有21人在墨西哥湾长时间游泳四天后生病。检测结果证实为病毒性脑膜炎，统计分析显示游泳时间与感染的发生呈正相关。研究人员得出结论，这群人可能是在被污水污染的海水中游泳。
藻的毒性
大眉藻是一种生长在热带海水中的藻类，它们释放出的毒素会导致皮疹、肠胃紊乱、头痛和发烧等疾病。2003年4月，《国际环境》杂志发表了一篇文章，对澳大利亚莫顿湾爆发藻华期间游泳者的健康状况进行了评估。研究人员向5000名居民发送了关于水上娱乐活动和疾病发生情况的调查问卷。在1350名受访者中，78%的人报告说在水华的时候曾在水中，34%的人报告有一种或多种症状，其中最常见的是皮肤刺激。尽管相当多的受访者报告了藻毒症状，但只有29人表现出严重症状。
原生动物感染
《泰国医学协会杂志》2005年4月号的一项研究报告了一例男子抱怨低烧、头痛和鼻分泌物中带血黏液持续一周的病例。医生发现，他在出现症状前两三天在一个天然池塘里游泳。鼻分泌物的显微镜检查显示了两种类型的鞭毛阿米巴:奈格里亚阿米巴和棘阿米巴。作者总结说，这是第一次报道自由生活的阿米巴原虫在活患者身上双重感染。