慢性腹痛是指腹部任何部位的持续性或复发性疼痛，包括从胸腔下缘到骨盆骨的区域。消化器官，包括胃、肝、胆囊、胰腺、小肠和结肠，占据腹腔。感染、炎症、肿瘤或其他腹部器官异常可引起慢性腹痛。
炎症性肠病
炎症性肠病是影响小肠和结肠的慢性、复发性疾病。克利夫兰诊所解释说，炎症性肠病的两种变体——溃疡性结肠炎和克罗恩病——通常会引起间歇性的慢性腹痛。疼痛模式反映了疾病的活动水平和肠道受累区域。溃疡性结肠炎的特点是影响结肠和直肠。克罗恩病可影响消化道的任何部位，最常累及小肠。美国克罗恩病和结肠炎基金会表示，多达100万美国人患有炎症性肠病。
乳糜泻
乳糜泻，也被称为谷蛋白敏感肠病，是一种小肠疾病，摄入含谷蛋白的食物会引发一种侵略性的免疫反应。小肠的吸收结构受到损伤，导致吸收营养物质的能力明显下降。腹痛和胀气，体重减轻和腹胀的结果。含有小麦、黑麦或大麦的食物含有麸质，某些药物和非处方补充剂和维生素也含有麸质。完全消除饮食中的麸质可以治愈以前的肠道损伤，恢复正常的营养吸收。美国国家糖尿病、消化和肾脏疾病研究所报告说，据估计，美国每133人中就有一人患有谷蛋白敏感性肠病。
慢性胰腺炎
胰腺的持续性炎症，伴随脏器组织的破坏，被认为是慢性胰腺炎。慢性、严重的腹痛被证明是这种疾病的典型症状。在2007年发表在《美国家庭医生》杂志上的一篇综述文章中，Rajasree Nair博士和他的同事报告说，慢性胰腺炎的病例中，酗酒占了大约70%。其他可能的原因包括自身免疫性疾病、囊性纤维化、慢性肾功能衰竭、甲状旁腺功能亢进、原发性胆汁性肝硬化以及胰腺或胰腺附近的肿瘤。治疗方法因疾病的潜在原因而异。
慢性胆囊炎
胆结石患者反复发生胆囊疾病可能导致持续性胆囊炎症，即慢性胆囊炎。炎症引起胆囊壁瘢痕和器官收缩。根据“默克保健专业人员手册”，胆囊疼痛的发作，通常在右上腹部，典型的慢性胆囊炎。可出现恶心和腹部压痛，但明显无发热。手术切除胆囊仍然是慢性胆囊炎的最终治疗方法。