根据世界卫生组织的说法，沙门氏菌是全球食源性疾病最常见的原因之一。在美国，每年有140万例感染导致超过15万名医生就诊，1.5万人住院，500人死亡。虽然沙门氏菌中毒通常会引起轻微的自限性胃肠炎(“沙门氏菌病”)，但在某些情况下可能会造成长期影响。

转移性感染

在极少数情况下，沙门氏菌会逃离肠道进入血液。血流感染本身可能是致命的，并且当沙门氏菌从血液中传播（转移）感染身体的其他区域时，可以产生长期并发症。转移性沙门氏菌感染的实例包括感染心脏瓣膜和心脏（心内膜炎），骨骼（骨髓炎），肾脏（肾盂肾炎）和包括大脑的其他软组织的内容。通常，这些感染缓慢增长，并且比与经典沙门氏菌胃肠炎相关的12至72小时比较长。它们很少发生在健康的成年人身上，而在免疫系统不健全(如艾滋病、癌症、镰状细胞性贫血)或患有多种疾病的人群中更为常见。

自身免疫性疾病

流感的后遗症

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暴露于沙门氏菌后，免疫系统会产生对细菌的抗体。不幸的是，沙门氏菌细菌类似于许多人的细胞表面标记。其结果是一种引起瑞特氏综合征的自身免疫性疾病，这种疾病会导致慢性关节疼痛(关节炎)、眼睛刺激(结膜炎伴或不伴虹膜炎)和排尿问题(尿道炎)。在2001年在传染病的诊所提出的一项研究中，近三分之一的人感染沙门氏菌DNTNTERIDIS之一，其中一种最常见的沙门氏菌，发育了长达6个月的关节炎，近50％的报告复发在初始剧集解决之后。

慢性携带者

在某些情况下，个人从沙门氏菌感染中恢复成为慢性携带者。沙门氏菌的人类慢性载体的最着名的例子是“伤寒玛丽”。J.W.Leavitt的1996年“Typhoid Mary：俘虏对公众的健康”叙述了与54例患者的无症状爱尔兰美洲厨师的真正故事和四次不同的伤寒90年代的死亡。

如今，慢性带菌者状态通常可以通过延长抗生素疗程来根除，尽管个人在此期间可能会受到工作类型的限制。大多数慢性携带者无症状。然而，艾滋病和其他类型的免疫功能低下的患者在抗生素有效之前可能会反复发作。