大多数人认为咖啡对适度饮酒的人有益健康。事实是，咖啡和咖啡因对健康的积极影响很小，而且会产生广泛的负面影响。它们除了会引起脑雾、疲劳、抑郁和易怒外，还会损害消化系统，并通过各种机制引起腹痛。
功能
咖啡因其能量作用而闻名，是咖啡因的高产来源，咖啡因是唯一一种不受管制的精神活性药物。咖啡因提高警觉性的方法之一是提高应激激素——皮质醇、肾上腺素和去甲肾上腺素——增加流向大脑和肌肉的血液流量，并提高心率。不幸的是，这正是导致易感人群出现胃肠不适的原因。
影响
这种紧张状态导致血液分流到身体的各个系统。在这种情况下，失败的是消化系统，它只能靠最少的资源运转，而消化系统本身就可能导致消化不良。咖啡也能加速胃酸的分泌，加速胃液进入肠道的速度。这会导致高酸性的胃内容物过早地进入肠道，从而导致肠道损伤，显然，也不会有少量的腹部不适。咖啡还有通便的作用。泻药会引起肠痉挛，从而引起疼痛。
注意事项
咖啡会对消化系统产生许多其他的负面影响，这可能会或可能不会导致肠道疼痛。这包括减少镁的吸收，镁是一种对身体健康和保持肠道正常的重要元素。它还可以起到利尿剂的作用，导致便秘，并干扰GABA的代谢，GABA是一种重要的神经递质，有镇静胃肠道的作用。当GABA供不应求时，胃部不适会成为一种常见的症状。
类型
一些人认为，换成无咖啡因咖啡，他们会巧妙地避开这些问题。咖啡因的特效确实如此，但不幸的是，咖啡的许多致痛特性，比如它的泻药效应，也与无咖啡因一起出现。无咖啡因咖啡和普通咖啡一样酸。相比之下，绿茶虽然富含咖啡因，但导致胃肠不适的可能性要小得多。
预防/解决方案
如果你在喝咖啡后感到腹痛，你应该首先确定是咖啡引起的疼痛，而不是牛奶或甜味剂——乳糖、果糖和山梨醇不耐症在美国人中很常见。如果咖啡是原因，那么，除了每一杯都服用抗酸片，唯一的治疗方法就是戒烟。然而，如果你是一个经常喝咖啡的人，那么像任何精神药物一样，戒掉咖啡因会带来不愉快的副作用，使你“经历嗜睡、抑郁、严重头痛、恶心，甚至肌肉和关节疼痛，根据安德鲁·盖德特在《治疗消化系统疾病》一书中的观点，他建议首先戒掉含咖啡因的苏打水，然后逐渐减少咖啡中的无咖啡因咖啡因含量，最后改用不含咖啡因的茶，如罗伊波斯茶或霍尼布什茶。