芹菜中含有某些毒素称为具有潜在的致癌作用补骨脂素和具有潜在的抗甲状腺的作用goitrogens。芹菜也是最高的蔬菜农药含量的一个，除非是有机种植，并且很容易受到有模有样叫做霉菌毒素。有，但是，如何成长，选择，准备和食用芹菜，以尽量减少相关的健康风险。
补骨脂素
芹菜中含有一种天然毒素叫做补骨脂素，可能会导致皮肤变得对紫外线辐射，称为phytophotodermatitis条件的有害影响更为敏感。因此，它们被认为是光致癌。据大卫·沃森在他的著作“天然毒素的食品，”烹饪，特别是沸腾的，发生故障的芹菜补骨脂素，但不能完全摧毁它们。phytophotodermatitis的影响包括皮疹和变色，水泡及晒伤。
Goitrogens
也被称为硫代葡萄糖苷，goitrogens是由糖和硫，其可具有对甲状腺产生负面影响，即抑制其碘摄取的化合物。据一份名为“在植物食品中自然产生的毒素的营养意义”在FDA有毒植物数据库2006年收录，在蔬菜，如芹菜goitrogens估计占甲状腺肿发病率的4％，或甲状腺肿胀，在世界人口。
农药
据公共卫生非营利组织环境工作组在2010年发布的报告显示，无机芹菜是在水果和蔬菜含有大多数农药，在每个服务64种农药的“十二金刚”列表的顶部。由于芹菜没有保护皮肤吸收有害的杀虫剂，消费者更容易吃蔬菜的时候摄取这些农药。对人类健康食品残留农药的慢性影响仍然是许多研究的主题。食品中农药已与某些免疫功能紊乱和癌症。更多的证据已链接食品中农药小儿神经和发育问题，包括多动症。
硝酸盐
芹菜是硝酸盐，其中，当暴露于包含在食品和在胃肠道的某些微生物，可以减少到可能有毒的亚硝酸盐高。在足够大的剂量，亚硝酸盐可引起高铁血红蛋白血症，或血红蛋白的携氧能力丧失，甚至死亡。但是，有证据只与硝酸盐高的蔬菜来源为亚硝酸盐中毒的婴儿。
霉菌毒素
芹菜易受某些霉菌真菌毒素叫，包括黄曲霉毒素或黑色模具。黄曲霉毒素是已知的致癌物质。霉菌毒素消费的其他潜在的健康影响包括腹痛，呕吐，水肿，痉挛，肝功能损害，精神损害与消化，吸收和代谢的食物问题。
提示
芹菜的补骨脂素从被称为粉红腐褐色菌起源。只有吃芹菜，没有褐色斑点，以免抽入补骨脂素。避免只购买有机芹菜或你信任的当地种植者消费无机芹菜农药。它的皮肤缺乏使得洗去芹菜任何农药几乎是不可能的。即使是在环境工作组的研究中发现含有这么多农药芹菜是由美国农业部在测试前开机清洗。